A bélflóra, vagy más néven mikrobiom, nem csupán az emésztés hatékonyságában játszik kulcsszerepet, hanem az egészséges immunválasz fenntartásában is. A bennünk élő több trillió baktérium, vírus és egyéb mikroorganizmus nemcsak a tápanyagok feldolgozásában segít, hanem közvetlenül befolyásolja az immunrendszer működését, és támogatja a szervezet védelmét a kórokozókkal szemben.
Mikrobiom vizsgálat által alaposan feltárható a bélflóra. A mikrobiom és az immunrendszer közötti kapcsolatot egyre többet kutatják, és a tudomány egyre inkább rámutat arra, hogy a bélflóra az immunválasz szabályozásában központi szerepet játszik. A bélben található jótékony baktériumok és egyéb mikroorganizmusok segítenek a patogén baktériumok, vírusok és gombák elleni védekezésben. Azáltal, hogy egyensúlyban tartják a bélflórát, megakadályozzák a káros mikroorganizmusok elszaporodását, és erősítik a bélfal védelmi mechanizmusait, amely elsődleges védelmi vonalként működik a szervezet számára. A mikrobiom az immunrendszer „trénerként” is funkcionál. A bélflóra segíti az immunsejteket abban, hogy felismerjék a kórokozókat, és megfelelő választ adjanak rájuk.
Az egészséges bélflóra stimulálja az immunválaszt, serkenti a védőantitestek és a fehérvérsejtek termelését, miközben gátolja a túlzott gyulladásos reakciók kialakulását, amelyek krónikus betegségeket, például autoimmun betegségeket okozhatnak. A mikrobiom tehát képes finoman szabályozni az immunrendszert, biztosítva, hogy az a megfelelő módon reagáljon a külső fenyegetésekre, miközben megakadályozza, hogy a test saját szöveteit támadja meg. A mikrobiom egyensúlya azonban könnyen felborulhat, különböző tényezők hatására, mint például helytelen táplálkozás, stressz, antibiotikumok vagy más gyógyszerek használata. Az ilyen zűrzavart okozó tényezők csökkenthetik a jótékony baktériumok számát és megnövelhetik a káros mikroorganizmusok jelenlétét.